"เนตรนาคราช" เรื่องราวการต่อสู้เพื่อแย่งชิงสิ่งศักดิ์สิทธิ์ในตำนานที่หายสาบสูญไปกว่า 500 ปีจาดดินแดนบาดาลที่เชื่อกันว่ามนุษย์นั้นเป็นผู้ขโมยดวงตาของพญานาคไปทำให้พญานาคต้องขึ้นมาตามหาดวงตาของตนในทุกคืนวัน 15 ค่ำเดือน 11 ดังที่เราเห็นเป็นลูกๆฟพญานาคนั่นเอง นอกจากนี้ในตำนานของเรื่องนี้ยังได้กล่าวอีกว่าหากใครที่ได้ครอบครองเนตรนาคราชอันศักดิ์สิทธิ์นี้ก็จะเป็นผู้มีอำนาจ อยู่ในมือ ทรงพละกำลังและเป็นอมตะเหนือผู้อื่นผู้ใด แต่นั่นก็เป็นเพียงแค่เรื่องเล่าสืบต่อกันมาเพราะยังไม่เคยมีใครที่เห็นหรือได้ครอบครองเนตรนาคราชนี้มาก่อนนอกจากแผนที่ในการตามหาเนตรนาคราชที่ปัจจุบันนี้อยู่ในมือของด็อกเตอร์มานพ (วันชัย เผ่าวิบูลย์) อาจารย์ทางด้านโบราณคดีที่ได้ทำการศึกษาเรื่องของเนตรนาคราชอย่างจริงจังเมื่อ 5 ปีก่อน ก่อนที่จะถูกฆาตกรรมอย่างเลือดเย็น

ทันทีที่ด็อกเตอร์มานพถูกฆาตกรรม ลูกสาวทั้งสองของเขาที่ไม่ค่อยลงรอยกันระหว่างพี่น้องอย่างกาญจนา (กวิตา จินดาวัฒน์) และรัตนากร (จีระนันท์ มะโนแจ่ม) รวมไปถึงอัศวิน (ซี ศิวัฒน์ โชติชัยชรินทร์) เด็กหนุ่มที่เติบโตมากับครอบครัวของด็อกเตอร์มานพและด็อกเตอร์มานพเองก็เป็นคนส่งเสียให้เขาเป็นเจ้าหน้าที่หน่วยพิเศษฝีมือดี ก็ตัดสินใจสืบหาสาเหตุการณ์ตายอย่างมีเงื่อนงำของเขาโดยทั้งสามเชื่อว่าเป็นเพราะคนร้ายต้องการแผนที่ในการตามหาเนตรนาคราชที่ด็อกเตอร์มานพถือครองอยู่และคนที่น่าสงสัยมากที่สุดก็คือเฮนรี่ เจมส์ (โอลิเวอร์ บีเวอร์) เศรษฐีชาวอเมริกันที่เคยมาขอซื้อแผนที่ๆ ว่านี้แต่ด็อกเตอร์มานพไม่ยอมขายให้นั่นเอง